KOF 99 的主人公由草雉京换成了K，故事情节也完全重新展开。今年举办了KOF大会，并向世界各地的格斗家送去请贴，但是与往届不同，这次的反响并非强烈，并且大会试用了新的规则……
“对战形式仍为3对3，但大会采用STRIKER MATCH形式。”这是举办方的要求，也就是再加入一名参赛者。从没听说过STRIKER MATCH的格斗家为弄清真象向举办地出发了。
实际上这次大会是由神秘组的首领KRIZALID举办的。他通过举办KOF大会，收集各地格斗家的数据，并克隆人为已驱使，并妄图使世界陷入恐怖危机之中。
结果他自己却也是个克隆人，是K的数据的产物，被击败的KRIZALID得知此惊愕的事实后在失意中死去，但究竟这个神秘组织的目的是什么呢，2000中会有新的答案。
最值得注意的是追加的要素STRICKER系统的导入。
在“KOF 99”下选择四人组队，一个人作为后备的系统。在战斗中通过消费画面下方的STRIK BOMB呼出后备人物负责援护攻击。另外，在呼出后一定时间内主角的下半身处于无敌状态(无敌范围根据主角不同而有差异)。
呼出攻击时，敌人的攻击无效。对使用一方来说是十分有利的战法，而且援护攻击威力较大。另外，本作沿用ADVANCED MODE系统，但没有能量积攒设定。在能量格三格全满时，有通过设定键全部消费的可能，在一定时间内可随意使用超必杀技，熟练使用对战斗十分有利。